Um dia, a Lain Iwakura recebe um e-mail... de uma colega que se tinha suicidado. Mas, segundo o e-mail, ela ainda está viva, no mundo da Wired. Depois de o pai lhe comprar um Navi novo, a Lain começa a explorar este mundo virtual, e a sua identidade começa a separar-se entre a Lain que ela é normalmente e a Lain que percorre o mundo da Wired. Entretanto, à volta dela começam a trabalhar forças estranhas... Os Cavaleiros e as suas intervenções desconhecidas; os rumores da existência de um Deus virtual... Será que existe uma barreira entre o mundo virtual e o mundo real? Qual deles é a ilusão? O que